При тривалому застосуванні у високих дозах можливий розвиток гіперурікозурії, гіперурикемії.. При муковісцидозі у разі перевищення необхідної дози панкреатину можливий розвиток стриктур (фіброзної колонопатії) в ілеоцекальному відділі у висхідній кишці ободової.
При переїданні препарат можна випити 1 раз, щоб полегшити стан. При порушенні травлення після операції, діагностичної процедури або отруєння курс продовжується від 7 до 14 днів. Хронічні хвороби потребують тривалішого лікування протягом 3-6 місяців.
З боку обміну речовин: при тривалому застосуванні у високих дозах можливий розвиток гіперурікозурії, у надмірно високих дозах – підвищення рівня сечової кислоти у плазмі крові. Інші: при застосуванні панкреатину у високих дозах у дітей можливе виникнення періанального подразнення.
Крім того, Панкреатин можна застосовувати з профілактичною метою у разі вживання великої кількості важкої незвичної їжі (інструкція МОЗ України). Особливо така профілактика рекомендована тим, хто обмежує свій раціон саме через складність перетравлення деяких продуктів.