Слід обережно застосовувати в разі гастриту з підвищеною кислотністю шлункового соку, під час вагітності на будь-яких термінах, оскільки може спровокувати викидень.
Чай із шавлії має низку протипоказань. Рослина може викликати алергічну реакцію, небажаний під час вагітності та в період лактації. Не варто давати чай із шавлії, пастилки та льодяники з ним у складі дітям до 5 років.
Крім того, в експерименті встановлено, що листя шавлії підвищує секреторну активність шлунково-кишкового тракту внаслідок присутності в рослині гіркоти. Галенові форми рослини чинять і незначну сплазмолітичну дію.
Шавлію ліпше не використовувати за індивідуальної непереносимості, бронхіальної астми, у період вагітності та грудного вигодовування, у разі захворювань щитоподібної залози, артеріальної гіпертензії, гострого пієлонефриту, фенілкетонурії та в разі ендометріозу.