У шостому сезоні мультсеріалу «Війни клонів" виявилося, що Наказ 66 був вшитий у клонів за допомогою чіпа-інгібітора. Це суперечить джерелам Розширеного Всесвіту, де наказом відмовилися підкоритися клон КС-5108/8843 та клони-Коммандос Іонної групи.
В останні дні Війн клонів, після розкриття таємниці Дарта Сідіуса джедаям, Палпатін наказав 66.
Випуск підтверджує, що кілька персонажів із приквелів та «Війн клонів» також пережили Наказ 66, додавши пару нових імен у мікс: Квінлан Вос Колеман Ксадж Анвелл (Unvell)