Коли приготування було закінчено, Бог наказав Ною взяти з собою у ковчег по парі від кожного виду тварин і птахів, а «чистих» (тобто придатних для жертви) — по семи пар, «щоб зберегти плем'я для всієї землі» (Бут. 7:3). Разом із Ноєм у ковчег увійшли також його родина: дружина та троє синів із дружинами.
Ной зробив усе так, як наказав йому Бог. По закінченні будівництва сказав Бог Ною увійти в ковчег зі своїми синами та дружиною, і з дружинами синів своїх, і ввести також у ковчег із усіх тварин по сім чистих особин і по дві нечистих, щоб вони залишилися живими.
Дослідники стверджують, що давня конструкція знаходиться під землею за 30 кілометрів від гори Арарат. У Старому Завіті сказано, що Ноєв ковчег зупинився на пагорбах гори Арарат, вулканічного масиву, що складається з декількох гір, що знаходиться поблизу східного кордону Туреччини.