У 1543 році Мехмед несподівано вмирає. На думку деяких дослідників, Мехмед помер від віспи. Від самого початку Мехмед був похований у мечеті Баезід. Пізніше на згадку про свого улюбленого сина Сулейман побудував у Стамбулі мечеть Шехзаде Мехмеда (Тур.
Первенец Хюррем і Султана Сулеймана вмирає від віспи у 103 серії третього сезону. Смерть його було ретельно сплановано Махідевран, першою дружиною Сулеймана.
Султан Мехмед ІІІ згадується на початку першої серії турецького серіалу «Чудовий вік. Імперія Кесем». Зображено організовані ним масове братовбивство і страту шехзаді Махмуда.