Повінь на Єнісеї проходить у травні-червніносить розтягнутий характер через поступове танення снігу на величезній площі басейну річки. Влітку на Єнісеї, особливо у верхній течії річки, трапляються сильні дощові паводки.
Найбільші ліві притоки Єнісея: Абакан, Кантегір, Турухан, Танама та інші. Найбільші праві притоки Єнісея: Ангара, Нижня та Підкам'яна Тунгуска, Туба, Дудинка, Кан та інші. Ангара та Нижня Тунгуска вважаються найбільшими з усіх.
Повінь з середини травня до вересня. Розмах коливань рівня до 14 м. Середньорічна витрата води – у Середньоколимська (641 км від гирла) – 2250 м³/с, найбільша – 25 100 м³/с (червень), найменша – 23,5 м³/с (квітень). Річний стік у гирлі – 123 км³.
Повінь на Єнісеї починається у травні, рідко у квітні, у середній течії дещо раніше, ніж у верхній, у нижній течії — у середині травня — на початку червня. Весняний льодохід супроводжується заторами.