Спарювання відбувається восени перед впаданням у сплячку, або на зимівлі, а народжується дитинча навесні або на початку літа.
Вагітність триває близько двох місяців. У червні самки народжують по одному дитинча. Шлюбний період припадає на серпень, а у вересні нічниці відлітають на зимівлю.
Існує багато факторів загрози летючим мишам. Умовно їх можна поділити на природні та антропогенні. До перших належить низька плодючість тварин. За рік вони народжують одного-двох дитинчат, від чого їх кількість не може рости швидко.