Інкубаційний (прихований) період триває від 2 до 21 днів. Ознаки енцефаліту з'являються через цей час. Коли вірус проникає у кров, то з'являються симптоми енцефаліту, що нагадують грип: втома, стомлюваність, слабкість, зниження апетиту, можливо ломота в кістках, підвищення температури.
Ознаки кліщового енцефаліту. Хвороба часто починається гостро, з ознобу та підвищення температури тіла до 38–40°С. Гарячка триває від 2 до 10 днів. З'являються загальне нездужання, різкий біль голови, нудота і блювання, розбитість, стомлюваність, порушення сну.
Інкубаційний період кліщового енцефаліту іноді досягає 21 день, але в середньому продовжується від 10 днів до двох тижнів. У разі потрапляння вірусу через заражені продукти він коротшає і становить лише кілька днів (не більше 7).
Наслідки укусу енцефалітного кліща Небезпечне захворювання може проявитися після двох-трьох тижнів. Потім заражений стикається з першими симптомами як загального нездужання, сонливості, незначного підвищення температури.