У 1850-1881 роках Оренбург – центр генерал-губернаторства. З 1859 – адміністративний центр області оренбурзьких киргизів (російські спочатку називали казахів «киргизами»). До 1868 року тут знаходилися установи, які відали прикордонними справами, управлінням казахів Молодшого жузу.
Через сім місяців, у січні 1919 року, червоні відбили місто. Цікавий факт: Оренбург був першою столицею радянського Казахстану. 1920 року це місто стало адміністративним центром створеної Киргизької Автономної Соціалістичної Радянської Республіки. У той період казахи офіційно іменувалися киргизами.
1920 року декретом ВЦВК саме Оренбург як найбільше і найближче до степу російське місто було проголошено першою столицею Казахської АРСР у складі РРФСР і залишалося нею протягом 5 років, до переведення адміністративного центру республіки в 1925 в Кзил-Орду.
З 1781 року Оренбурзька губернія називалася Уфімським повітом із центром у місті Уфі. У 1797 році була знову утворена Оренбурзька губернії. У 1865 році зі складу Оренбурзькій губернії було виділено Уфимская губернія.