Вологда проходять великі залізничні магістралі: Москва – Архангельськ – Біломорськ – Мурманськ/Воркута, Санкт-Петербург – Єкатеринбург. Це найбільший транзитний вузол на Північній залізниці. Станція розташована на 494 км від Москви та 597 км від Санкт-Петербурга.
Пасажирський потяг "Таврія" з Вологди у Сімферополь, курсує лише у літній період. Час у дорозі становить 53 години при русі з Вологди. Маршрут потяги "Таврія" проходить через такі великі міста як Ярославль, Іваново, Саранськ, Пенза, Балашов, Ростов-на-Дону.
Мінімальна вартість залізничного квитка з Вологди у Санкт-Петербург – 1599 ₽ у плацкарті, у купе – від 4564 ₽, у СВ – від 10896 ₽.