Наприкінці першого випуску побитий Ронін прокидається у старому штабі Черепашок-Ніндзя. Його врятувала Ейпріл О'Ніл, яка дуже постаріла, але все одно вірна старому другові. У якому вона легко дізналася Мікеланджело. Як же загинули Черепашки-Ніндзя і як вижив Мікеланджело?
Мультсеріал завершується весіллям Кейсі та Ейпріл. Фіналом мультсеріалу 2003 року послужив телевізійний фільмЧерепашки назавжди», в якому головні герої об'єдналися зі своїми аналогами 1987 року в боротьбі проти Ч'релла, що повернувся.
Він загинув під час фінального штурму лігво Шреддера, загинув у бою з Амазонськими дівами. Сплінтер та Найстарший відзначили, що Мікеланджело має найбільший потенціал серед усіх чотирьох Черепашок, однак не може повністю розкрити його через лінощі та переваги тренувань відеоігор.
У випуску #50 Шреддер воював зі Сплінтером та Черепахами в останній битві, яку програв, після чого визнав свої помилки, а також призначив Караї новим головою клану Фут на випадок своєї смерті. Сплінтер ударив його мечем по потилиці, миттєво вбивши Шреддера.